Konec osmega in v devetem stoletju je nastopila doba, v kateri je krščanstvo spet začelo postajati večinska vera, a so ob blagi irski misijonski metodi, ki je veljala v naših krajih, prežitki prej dominantnih poganskih šeg ostali v nekaterih plasteh naše kulture vse do danes. Na podlagi skupne vere sta se obe glavni korenini naših prednikov staro- in novoselska dokončno zlili. Iz roda v rod so nam predniki ohranili pripoved o tistih časih. Tedaj so, tako pravijo, misijonarji obiskali graščaka Brnikarja na njegovem gradu na Milharjevem hribu pri Šmartnem, ki je vladal temu območju, in ta je sprejel krščanstvo. V Šmartnem je postavil cerkev in ustanovil vas Brnik, ki se imenuje po njem in kjer je bila prva hiša pri Hočevarju.
Ljudska in arheološka pripoved se v celoti skladata, saj grobišči iz časa od konca devetega do začetka enajstega stoletja pri cerkvah v Šmartnem in na Zgornjem Brniku kažeta na tedanji obstoj tamkajšnjih cerkva. Verjetno sta bili postavljeni v drugi polovici devetega stoletja, skupaj z razporedom naselij na Cerkljanskem, ki obstaja še danes. Bili sta last sočasnega oblastnika tega območja (po izročilu graščaka Brnikarja), ki jima je tudi priskrbel duhovnika in ga vzdrževal. Šmarška z velikim grobiščem in patrocinijem svetega Martina kaže na vlogo, podobno statusu današnjih farnih cerkva, brniška pa z zavetništvom svetega Janeza Krstnika kaže na vlogo prvotne krstne cerkve, tam naj bi bili z vodo potoka Reka ob začetku pokristjanjevanja krščeni naši predniki.
Tretja cerkev, katere nastanek smemo domnevati v devetem stoletju, je cerkljanska, ki je verjetno nastala na prastarem kultnem mestu, ki je veljalo za milostno. Gotovo je bila že od začetka romarska, podobno kot ostale najstarejše Marijine cerkve na Gorenjskem, npr. bleška in leška. Obravnavane tri cerkve so bile zgrajene za oskrbovanje naše skupnosti oz. za območje, ki je približno identično obsegu sedanje občine Cerklje.
