Na prvotnem območju cerkljanske fare je bila v starih časih vrsta samostojnih kapel (niso bile del cerkve), ki niso nikdar prerasle v cerkve, in so, razen novejše krvavške, vse propadle. Prva po starosti, postavljena okrog 1220, ki je stala kar v senci farne cerkve, je bila posvečena svetemu Tomažu apostolu kot grobna cerkev za Bertolda, dekana Kranjske, in njegovega nečaka Henrika, ki je bil verjetno tedanji cerkljanski župnik. Vanjo so stoletja na dan svetega Aleša množično romali izdelovalci platna z vse Gorenjske. Pri cerkljanski cerkvi različni pisci omenjajo tudi kripto svetega Aleša in samostoječi kostniško kapelo svetega Mihaela ter kapelo svetega Antona Puščavnika, a za te trditve trenutno niso znani zadostni dokazi. Kapelo so imele tudi sestre v sedanji stavbi vrtca.
Znotraj velesovskega samostanskega obzidja sta stali samostojni kapeli. Ena je verjetno identična s prvotno cerkvico samostana, v kateri so molile prve velesovske nune že pred letom 1238, precej preden so postavili pravo samostansko cerkev, zavetnica sveta Marija Magdalena pa jih je spominjala na njihov izvorni samostan Zigelhofen pri Dunaju z isto patrono. Druga samostojna kapela je bila posvečena svetemu Jožefu in je stala na pokopališču. Ob prezbiteriju sedanje cerkve je bil v nadstropju samostana zimski kor z oltarjem. Kapela je bila tudi v kloštrskem gradu Frauenstein nad samostanom.
Tudi drugi grad na cerkljanskem, Strmol, je imel svojo kapelo, menda v jugovzhodnem stolpu. V njej je verjetno izvajal protestantsko obredje prvak luteranov na Slovenskem Primož Trubar, pa tudi drugi vidni protestanti, prijatelji in gostje tedanjih lastnikov gospodov Rainov. Valvasor je za kasnejši čas zapisal, da je bila lepa, za Satana strašna, strmolska kapela prizorišče čudežnih odrešenj, obsedenih s hudim duhom.
Sedaj ima zasebno kapelo Socialnovarstveni zavod Taber v Šmartnem.
