Ob prenovi stavbe leta 2000 je bilo odkrito staroslovansko grobišče s konca 9. ali začetka 10. stoletja. Do sedaj je bilo izkopanih šest skeletov, vzhodno od zakristije, z glavami tik ob temeljih. Da so temelji starejši od grobov, nakazuje ravno ta lega, upoštevati pa je treba tudi, da so tedaj praviloma pokopavali le ob cerkvah in da je bil gotski zvonik prizidan neki že obstoječi stavbi, kot izpričuje njegova zidava. Vse skupaj kaže na veliko verjetnost, da je že v 2. polovici 9. stoletja tam stala zidana cerkev s pravokotnim prezbiterijem. Skupaj z grobovi je bila z osjo usmerjena proti vzhodišču sonca na praznik mučeništva Janeza Krstnika, kar izpričuje njegovo zavetništvo že od začetka cerkve. Prvič je bila pisno izpričana 1404. Že kmalu za tem okrog 1430 jo je močno prezidala delavnica, ki je gradila lupino ladje in zvonik kranjske mestne cerkve. To zvezo potrjuje na zunanjščini vzidan sklepnik z odsekano glavo Janeza Krstnika na krožniku, ki je prvotno krasil teme prezbiterijskega oboka. V celoti je ohranjen gotski zvonik s prezentiranimi kamnitimi vogalniki, talnim zidcem in obodnimi venci ter s korenasto streho.
V baroku so ob star zvonik postavili novo cerkev, zaradi poplav dvignjeno na nasut plato, stavbi pa so glede na staro zasukali os, ki je sedaj usmerjena na južno stran. Graditi so začeli 1741, čez dve leti je bila cerkev posvečena. Ima kvadratno ladjo s posekanimi vogali. Proti severu je kor z orglami Petra Rumpla, ob straneh kapeli s stranskima oltarjema svete Ane in svetega Marka iz 1762 in na jugu prezbiterij z glavnim oltarjem iz 1759. Elegantna notranjščina je členjena z venčnim zidcem in s pilastri pravokotnega in polkrožnega prereza na prehodih. Nastavke vseh treh oltarjev je napravil kranjski mizar Jožef Waldner, kiparsko pa jih je opremil njegov sokrajan Valentin Vrbnik. Polihromacijo in pozlato je napravil Peter Janežič, kot priča ob zadnji obnovi 2007 odkrit napis na glavnem oltarju. K baročni opremi sodita tudi prižnica iz 1769 in slika bičanega Kristusa ob stebru. Iz 19. stoletja sta osrednji sliki stranskih oltarjev Franca Bizjaka iz 1868 in freska Janeza Krstnika na pročelju cerkve ter križev pot istega slikarja. Avtor slike zavetnika cerkve v glavnem oltarju iz 1867 je Ivan Franke, Matija Koželj pa je 1896 na kupolo ladje naslikal štiri cerkvene učitelje, za na prižnico pa štiri evangeliste in Dobrega pastirja.
Rojstvo Janeza Krstnika se praznuje 24. junija, praznik njegovega mučeništva pa 29. avgusta. Upodablja se ga v obleki iz velblodje kože s križem in z jagnjetom.
